Другою великою темою, що об'єднує в собі безліч різних проблем, у творчості святого праведного Івана Кронштадтського стала тема Церкви. Можна сміливо стверджувати пріоритетність цієї теми для всього вчення російського пастиря. Жодного христоцентризму й аскетизму в антропології, жодного шляху до Христа і у Христі не можна й припустити без наявності Православної Церкви.

Життя в Церкві - це найнеобхідніша умова життя у Христі. Життя в Церкві є соборне перебування у Святому Дусі, є духовне роблення в любові, вищим проявом якого є Євхаристія. Очищення серця, прилучення до віри - всі ці завдання здійсненні людиною за умови її церковного життя, коли вона може сподіватися на те, що її зусилля отримають підтримку Бога. "Ви не могли не помітити, - зазначає російський пастир, - що вся сила в серці: легко на серці - і всій людині легко, добре; важко на серці - і всьому лихо; але це полегшення ви можете знайти тільки у вірі, а значить особливо в церкві як місці віри переважно; тут Бог торкається очисною благодаттю Своєю сердець ваших і дає вам носити Своє благе ярмо. Ось великий секрет, який дізнатися варто всім "290. Особливо отець Іван наголошує на значущості щирості молитви, необхідності єднання в ній людини зовнішньої і внутрішньої. Одних лише зовнішніх проявів церковного життя недостатньо. Навіть більше того, марні зусилля людини, яка вимовляє слова молитви механічно, відвідує церкву за звичкою або тому що так роблять інші, бере участь в обрядах про всяк випадок. Святий Іван Кронштадтський переконаний, що такого роду зовнішня, показова церковність властива фарисеям, але не істинним християнам. Молитва є вихователем серця людини, тому отець Іван звертає особливу увагу на те, щоб під час молитви воно не спало. В іншому разі слова молитви вимовлятимуться даремно: "Серце наше нерідко спить на молитві; зовнішня людина молиться, а внутрішня - ні. Часто лестимо ми тільки язиком на молитві "291. Важливий як загальний настрій людини під час молитви, так і теми, які в них порушуються. Сам досвідчений молитовник, на служби якого стікалися десятки тисяч прочан, святий Іван Кронштадтський наполегливо радить молитися щиро і навіть ревно, турбуючись насамперед про духовний стан, прагнути його зміцнення: "Людина, яка молиться, як голодна, повинна прагнути, міцно бажати тих благ, особливо духовних, прощення гріхів, очищення, освячення, утвердження в чеснотах, яких вона просить у молитві. Інакше марно слова витрачати "292. Таким чином, у роботах святого Івана Кронштадтського ми зустрічаємося з досить цілісною системою викладу православних істин, причому викладом не схоластичним, абстрактним, а досвідченим, життєвим, викладом простим і доступним, як і сама Істина. У них чітко представлена єдність догматичного, етичного і містичного начал православного віровчення. Долаючи механічне ставлення до Святого Письма і Священного Передання, праці великого російського пастиря стверджують їх невичерпну актуальність і неминуще значення для життя кожної людини.